Bugün Çanakkale kent merkezine oldukça yakın olan Abydos ve Dardonos gibi arkeolojik yerleşkelere rağmen şimdiki kentin bulunduğu alanda hiçbir arkeolojik yerleşime rastlanmaz.
Fatih Sultan Mehmet, 1453 yılında İstanbul’un fethi esnasında Ceneviz filosunun Çanakkale boğazını geçerek İstanbul’a ulaşmasının verdiği endişe ile Akdeniz’den gelecek saldırılara karşı 1462/1463 yıllarında 2 kale inşa ettirir. Boğazın en dar yerinde, Anadolu yakasında inşa edilen Çimenlik Kalesi, Sarıçay’ın denizle birleştiği bataklık alanda kurulur. Kısa sürede inşa edilen ‘Kala-i Sultaniye’ aynı zamanda kentin Osmanlı dönemindeki adıdır. Zamanla boğaz girişinde savaş tehdidi içeren bir takım faaliyetler izlense de kaleler bu faaliyetlere izin vermez. Kent 1914 yılına kadar sakin bir yaşam sürerek liman ve ticaret kenti olarak gelişir.
1914 Yılında Avrupa’da başlayan I. Dünya Savaşı’nın Osmanlı İmparatorluğu’na da sıçraması ile kent, sıcak çatışmaların ortasında kalır. İstanbul’a yalnızca deniz yoluyla ulaşmayı hedefleyen İtilaf Donanması’nın başlattığı bombardımanda kent büyük yaralar alır. Sivil halk yakın yerleşkelere taşınırken kent büyük bir garnizona dönüşür. 18 Mart 1915’te İtilaf Donanması’nın büyük taarruzu, Türk topçusu ve denizcileri tarafından başarı ile durdurulur. Ancak donanmanın açtığı ateş kenti alevler içinde bırakır. İtilaf güçleri 1918’de imzalanan Mondros ateşkes anlaşması ardından kenti işgal eder. Bu dönemde uzaklaşan sivil halkın bir bölümü dönse de, kent artık eski kent değildir. Anadolu’nun işgali, Kurtuluş Savaşı ve Cumhuriyetin ilanının ardından kent, işgal kuvvetlerinin 1922 yılında ayrılması ile yeniden yapılanır. Eski sakinlerinden bir bölümü, savaş sonrası anlaşmalar gereği kenti terk ederken onların yerine Girit ve Balkanlardan mübadiller gelir.